Pusat Kecemerlangan atau Centre-of-Excellence (COE) Penyelidikan MARDI diwujudkan pada sekitar tahun 2015 yang bertujuan untuk mengangkat martabat MARDI sebagai institusi penyelidikan terulung dan terhadapan dalam bidang agromakanan. Ia juga berperanan sebagai Pusat Rujukan Kepakaran bagi aktiviti penyelidikan komoditi atau bidang pengkhususan terpilih. COE MARDI dibangunkan berteraskan lima kriteria utama iaitu keupayaan kepakaran, peruntukan kewangan bagi tujuan penyelidikan, ketersediaan aset dan infrastruktur sokongan, jaringan kerjasama R&D&C&I, dan outcome serta impak projek penyelidikan yang dilaksanakan. Kini terdapat enam Pusat COE MARDI iaitu:
Pusat Kecemerlangan (COE) Penyelidikan Padi dan Beras atau Rice@MARDI
Pusat Kecemerlangan (COE) Penyelidikan Padi dan Beras atau Rice@MARDI yang terletak di Jalan Paya Keladi/Pinang Tunggal, Kampung Permatang Durian, Kepala Batas, Pulau Pinang terlibat dalam menjana teknologi seperti varieti padi MR 323, MR 324, MR 326, MR 330, MR 331, MR 297, kaedah kawalan padi angin dan pakej pengurusan penyakit hawar bulir bakteria (BPB) bagi tanaman padi.
Pusat Kecemerlangan (COE) Penyelidikan Buah-buahan Tropika
Pusat Kecemerlangan (COE) Penyelidikan Buah-buahan Tropika yang terletak di Sintok, Bukit Tangga, Bukit Kayu Hitam, Kedah terlibat dalam menghasilkan varieti/klon buah-buahan seperti rambutan Mutiara Merah dan Mutiara Wangi, mangga Red Blush serta nanas Line 6. Di samping itu, penanaman varieti popular tempatan turut dilaksanakan seperti mangga Harumanis, Chokanan, durian MDUR 88, MDUR 79 dan MDUR 78.
Pusat Kecemerlangan (COE) Penyelidikan Tanaman Kelapa
Pusat Kecemerlangan (COE) Penyelidikan Tanaman Kelapa yang terletak di Sungai Sumun, Bagan Datuk, Perak memfokuskan kepada aktiviti penyelidikan bagi tanaman dan hasilan kelapa. Di antara hasil penyelidikan yang dijalankan adalah beberapa varieti kelapa hibrid baharu, kaedah pengawalan biologi menggunakan kumbang Palma Merah (RPW), formulasi biopestisid kawalan penyakit bintik daun kelapa CocoGuard™ serta teknik penghasilan bahan lignin-kompleks bernilai tinggi daripada sabut kelapa.
Pusat Kecemerlangan (COE) Penyelidikan Tanaman Ubian
Pusat Kecemerlangan (COE) Penyelidikan Tanaman Ubian yang terletak di Kampung Aur, Mukim Telong, Bachok, Kelantan memfokuskan kepada aktiviti penyelidikan bagi tanaman dan hasilan ubian. Di antara hasil penyelidikan yang dijalankan adalah varieti ubi keledek bernutrisi tinggi, teknologi fertigasi bagi pengeluaran keledek dan halia, kaedah pengurusan lepas tuai ubi keledek ungu mutan, teknologi penanaman keledek tanpa tanah, kaedah pengawalan penyakit virus keledek secara biologi, kaedah pembajaan optimum bagi peningkatan kemanisan keledek serta kaedah pengendalian lepas tuai ubi keladi.
Pusat Kecemerlangan (COE) Penyelidikan Ternakan
Pusat Kecemerlangan (COE) Penyelidikan Ternakan yang terletak di Jalan Kluang-Kota Tinggi, Kluang, Johor memfokuskan kepada aktiviti penyelidikan bagi ternakan. Di antara hasil penyelidikan yang dijalankan adalah baka lembu Kedah-Kelantan (KK) Elit, baka kambing Katjang x Boer (BK), baka ayam kampung MARDI/ayam Saga, teknologi pemakanan tepat bagi ternakan ruminan (kambing BK, lembu Brakmas dan lembu KK Elit) serta teknologi pengeluaran telur ayam kampung berfungsi.
Pusat Kecemerlangan (COE) Teknologi Tanah Tinggi
Pusat Kecemerlangan (COE) Teknologi Tanah Tinggi yang terletak di Tanah Rata, Cameron Highlands, Pahang tidak memberikan fokus terhadap sesuatu komoditi tetapi tumpuan diberikan kepada bidang penyelidikan yang melibatkan aktiviti agromakanan di kawasan tanah tinggi. Di antara hasil penyelidikan yang dijana sejak 2015 adalah seperti model ladang contoh bagi pertanian organik di kawasan tanah tinggi, teknologi penghasilan baja berasaskan asid nitrohumik (NHA), teknologi pengeluaran tanaman organik menggunakan BioRichar™ serta teknologi kawalan biologi CabbioSheild™ bagi tanaman kubis.
Penyimpanan kultur: - MMCC menerima bakteria, fungi dan yis dari kumpulan bahaya (hazard group) 1 dan 2 sahaja. Ujian kehidupan (viability test) hanya dilakukan apabila terdapat permintaan daripada pendeposit.
Mengering beku mikroorganisma: selepas di proses, ampul akan di berikan kepada pelanggan untuk di simpan.
Pembekalan mikroorganisma: MMCC membekalkan strain mikrob di dalam piring petri agar atau dalam bentuk kering beku.
Pengecaman mikroorganisma: MMCC menggunakan teknik molecular
Pemencilan mikrob: Hanya dilakukan untuk sampel mikrob bukan klinikal
Perkhidmatan perundingan
Mengendalikan kursus-kursus yang berkaitan mikrobiologi
Kumpulan Sasaran
Pegawai Penyelidik, Pensyarah dan Syarikat Swasta
Alamat Lokasi
TINGKAT BAWAH, BLOK A15, PUSAT PENYELIDIKAN AGROBIODIVERSITI DAN PERSEKITARAN, MARDI IBU PEJABAT.
Senarai Perkhidmatan / Latihan
No
Jenis servis
Penerangan
Harga (RM)
1
Penyimpanan selamat kultur
Teknik kering beku untuk penyimpanan 5 tahun
Penyimpanan selepas tahun ke-lima
Permohonan untuk ampul seterusnya (untuk pendeposit saja)
500.00/strain
50.00/tahun/strain
20.00/ampul
2
Ujian kehidupan kultur (viability test)
Ujian kehidupan (viability test) kultur yang di simpan selepas penyimpanan yang berlanjutan (melebihi 1 bulan) akan dilakukan atas permintaan pendeposit (sekali saja)
Percuma (Sekali dalam 5 tahun penyimpanan)
3
Pemeliharaan mikroorganisma
Teknik kering beku
Untuk ampul yang seterusnya
150.00/5 ampul
30.00/ampul
4
Pembekalan mikroorganisma
Bakteria, fungi dan yis
270.00/kultur
5
Pengecaman mikroorganisma
Teknik molekular (16s rRNA atau ITS)
450.00/strain
6
Pemencilan mikrob
Pemencilan dan pengiraan jumlah mikrob daripada sumber bukan klinikal
Bahasa Melayu 
English 
